（1）   穿孔：可以因为肿瘤或炎症使肠壁变薄，充气后穿孔，或由于结肠镜通过直乙交界狭窄、降乙交界狭窄时操作过于粗暴时所致。穿孔发生后，患者立即出现醛腹剧痛、肌紧张、压反跳痛，立位腹平片可确诊，应及时进行手术治疗，否则患者可在数小时内进入休克阶段，甚至危及生命。
（2）  心脑血管意外，如晕厥、心律紊乱，包括心律过缓，甚者心跳停止，但罕见报道。
（3）  出血，检查后少量便血，可能与活检钳或息肉电切后及镜身打攀压迫有关。应注意观察，出血量大时应及时输液治疗，必要时内镜下止血治疗。
（4） 感染，由于镜检而发生的交叉感染罕见报道。